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日本2018-2020年猪瘟病毒流行 期间的基因组变异

2021-09-27 1357人阅读 来源:
虽然RNA病毒具有广泛的序列多样性,但为确保维持病毒生命周期的蛋白质功能,突变率必须是有限的。本文比较了2018-2020年分离自日本的150株猪瘟病毒(CSFV)的全基因组序列。为评估CSFV基因组的多样性,消除对病毒传播产生负面影响的突变,以共享单核苷酸变异(SNVs)和共享单氨基酸变异(SAVs)作为评估对象。

12个蛋白质编码区的比较表明,多功能非结构蛋白NS3SNVsSAVs的百分比最低,在另一种非结构蛋白NS4A中未检测到SAVs。这表明负选择抑制了病毒传播过程中NS3NS4A蛋白序列的变化。相比之下,仅在编码分泌蛋白Erns和非结构蛋白NS2的基因中检测到共享SNV之间的非同义替换,这表明流行期间存在正选择。将共享SAV映射到Erns 的三维结构显示共享SAV不存在于底物结合位点中,而是定位于蛋白质的外围区域。
以上数据可作为开发病毒基因的诊断方法、重组疫苗和抗病毒药物的数据支持。